Образовательный процесс проходит в 13 институтах и клиниках FVL. В настоящее время на факультете обучается более 700 студентов по магистерским программам, и 90 – в аспирантуре. В магистратуру принимаются как чешские, так и заграничные абитуриенты – выпускники средних и средних специальных школ.
Вступительные экзамены состоят из тестов по химии и биологии. Факультет даёт комплексное образование в области диагностики, терапии и превенции инфекционных и неинфекционных заболеваний животных и основы знаний в области гигиены сельскохозяйственной продукции животного происхождения.
Обучение длится 6 лет – 12 семестров. В ходе обучения студент сдает 44 экзамена. Студентам предоставляется общежитие, лучшим студентам – стипендии. Успешные выпускники получают титул «доктор ветеринарной медицины» (MVDr.) и могут трудиться в ветеринарии, в государственной ветеринарной инспекции, в диагностических и исследовательских учреждениях, в пищевом производстве, в эпидемиологических органах контроля и т.д.
