Статистика показала: чаще всего веб-сайтом университета пользуются абитуриенты, отсюда и возникла идея переориентации содержимого сайта под их потребности. На сайте уменьшилось количество детальной информации (её можно найти на старой версии веба университета), зато увеличился объём информации вводной с тем, чтобы гость страницы быстро и легко нашёл искомое: специальности, программы, условия поступления, направления исследований.
Вторая новинка Масарикова университета – увеличение количества мест для сдачи экзамена на определение способностей к обучению. Этот экзамен требуют все факультеты MU кроме медицинского. Абитуриенты будут иметь возможность выбрать из 11 мест вместо двух. Кроме Брно и Братиславы, они смогут пройти тест в Праге, Йиглаве, Чешске-Будеёвицах, Остраве, Градце Краловом, Жилине, Банска- Быстрице и Кошице.
В 2016/17 академическом году в Масариковом университете учится более 34 тысяч студентов. В прошлом году их было более 36 тысяч – спад соответствует тенденции постепенного уменьшения количества студентов. В то время как общее число студентов сокращается, число студентов-иностранцев растет, в настоящее время в MU их учится 7227.