1. Не боится быть первопроходцем. Не только в Чехии, но и в Европе прославился тем, что отменил бумажные зачётки и ввёл электронные индексы в информационной Интернет-системе, чем экономит студентам время и силы.
2. Университет идёт навстречу студентам со специфическими потребностями и студентам из социально-неприспособленных слоёв. Инвалидов в MU больше, чем в других университетах, поскольку для них здесь созданы условия.
Университет помогает и особо одарённым студентам. По данным последнего исследования IQ, самым высоким интеллектом в ЧР обладают студенты Масарикова университета.
3. Университет неравнодушен к глобальным проблемам, будь то кризис с беженцами или изменение климата. В университете введена стипендия для поддержки гуманитарных акций. Её могут получить студенты, стремящиеся помогать в местах, пострадавших от военных конфликтов и природных катастроф. Каждый год исследовательская команда MU выезжает также в Антарктиду на свою научную станцию по изучению климата.
4. MU стремиться сближать гуманитарные и природоведческие дисциплины. На практике это проявляется тем, что студент может изучать предметы любого факультета. Ничто не помешает информатику изучать социологию, а биохимику – экономику. Тот же принцип распространяется и на научную деятельность. Междисциплинарный подход, считают в MU, является ключом к успеху на рынке труда и в научных исследованиях.
5. MU неразрывно связан с Брно. Университет создаёт в городе особенную студенческую атмосферу (подсчитано, каждый пятый на улицах Брно – студент), а выпускники университета охотно остаются в городе, где учились. Брно в благодарность помогает университету в его нуждах, например, после поздних акций MU студентов развозят по домам специальными ночными автобусами. В городе действует университетский кинотеатр Scala, город приветствует альтернативную студенческую культуру.
6. MU является крупным научно-исследовательским центром. Группы учёных здесь работают над созданием новых лекарств от рака и методами его диагностики, ищут средства против дегенеративных заболеваний мозга. В MU работают ведущие чешские археологи и социологи. Программисты здесь занимаются кибернетической безопасностью. Широко известен институт Ceitec.
7. MU почти одного возраста с Чехословакией. Второй чешский университет был создан указом от 1919 года. Это решение в числе первых принимал уже чехословацкий парламент. Вначале MU имел четыре факультета: медицинский, философский, юридический и естественнонаучный. Сейчас факультетов девять. Через два года MU будет отмечать столетие!