Год основания фармацевтического факультета в Градце Краловом – 1969. Факультет в то время находился в стеснённых условиях – временные учебные помещения были разбросаны в 16 местах города, из-за недостатка места обучение проходило и по субботам-воскресеньям. Перемены к лучшему наступили в 1972 году с появлением монтированного здания, где уже были две аудитории на 70 мест. Строительство капитального здания факультета было закончено в 1980 году. В год своего 45-летия фармацевтический факультет может гордиться шестью тысячами выпускников и активной научной деятельностью, по результатам которой факультет находится на ведущих позициях в рейтинге Карлова университета. Этому способствует факт наличия на факультет четырех докторантских программ, охватывающих 12 специальностей, причем на 7 специальностях есть возможность получения профессорского титула.
Об успехах научно-исследовательской деятельности свидетельствует и постоянная грантовая поддержка, которую факультет получает от ведущих агентств, европейских проектов и Министерства промышленности и торговли ЧР.
В 2012 году при факультете заработал Центр разработки оригинальных лекарств, финансируемый в рамках проекта Centrum excelence GA. Весьма перспективным также является открытие Университетского образовательного центра клинической фармацевтики, где студенты будут получать новую специальность.
